高光譜成像結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)檢測(cè)火炬松幼苗梭形銹病發(fā)病率
火炬松是美國(guó)南部最重要的森林樹(shù)種，它生長(zhǎng)迅速、適應(yīng)性強(qiáng)，可用于建筑木材、膠合板和紙漿等。松梭形銹病是由真菌Cronartium quercuum f.sp. fusiforme（Cqf）引起的一種影響該物種的常見(jiàn)且具有破壞性的病害。這種真菌通常會(huì)感染幼樹(shù)的莖，導(dǎo)致被稱為“銹癭”的腫瘤樣生長(zhǎng)物產(chǎn)生，可能會(huì)造成樹(shù)木死亡或產(chǎn)生“銹叢”，從而妨礙樹(shù)木生長(zhǎng)，降低木材使用價(jià)值。種植抗病苗是限制該病害的最有效的措施。溫室中抗病性測(cè)試在人工接種幼苗后的目視估計(jì)病害發(fā)病率和嚴(yán)重程度具有高度主觀性，容易出現(xiàn)人為錯(cuò)誤，且勞動(dòng)密集。此外，目視評(píng)估只有在病害感染一段時(shí)間后，癥狀充分發(fā)展時(shí)才能進(jìn)行。而高光譜成像可同時(shí)獲取空間和光譜信息，提供了在不同空間尺度上分析光譜信息的機(jī)會(huì)，已成功應(yīng)用于多種植物物種的病害和脅迫檢測(cè)。
基于此，在本文中，來(lái)自北卡羅來(lái)納州立大學(xué)和密西西比州立大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)提出了一種利用高光譜成像技術(shù)篩選火炬松幼苗梭形銹病發(fā)病率的創(chuàng)新方法，具體目標(biāo)為（1）開(kāi)發(fā)高光譜圖像處理管道，用于從火炬松幼苗圖像中的特定感興趣區(qū)域（ROI）中提取光譜數(shù)據(jù)；（2）基于來(lái)自(1)的特定ROI的光譜數(shù)據(jù)，評(píng)估用于區(qū)分患病和未患病幼苗的SVM分類模型。
圖1 火炬松幼苗高光譜圖像采集的成像裝置。
【高光譜圖像獲取】
線性掃描高光譜成像儀（Pika XC2，Resonon Inc.，Bozeman，MT，USA）用于收集400至1000 nm范圍內(nèi)的高光譜數(shù)據(jù)，光譜分辨率為1.3 nm。高光譜圖像立方體的尺寸為1600×n×462，其中n為創(chuàng)建一個(gè)數(shù)據(jù)立方體使用的線掃描數(shù)，1600為每條線的像素?cái)?shù)。
獲取高光譜圖像后，通過(guò)閾值化歸一化植被指數(shù)（NDVI）圖像從背景中分割出幼苗，并通過(guò)使用Faster RCNN模型的目標(biāo)檢測(cè)來(lái)實(shí)現(xiàn)個(gè)體幼苗的描繪。隨后使用DeepLabv3+模型對(duì)植物部分進(jìn)行分割。并使用幾何特征分割冠層像素。從植物片段中提取光譜數(shù)據(jù)后，訓(xùn)練支持向量機(jī)（SVM）分類模型用于患病和非患病植物的分類。
【結(jié)果】
圖2 測(cè)試集隨機(jī)組圖像的莖像素（紅色）和非莖像素（綠色）。對(duì)于每株植物，左圖顯示了地面實(shí)況標(biāo)簽，右圖顯示了DeepLabv3+模型預(yù)測(cè)結(jié)果。?
表1 利用DeepLabv3+對(duì)莖葉像素進(jìn)行分割的像素精度和平均交并比(mIoU)值。
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表2 不同ROI的分類模型結(jié)果。
圖3 左：箱線圖顯示了從不同ROI提取的數(shù)據(jù)中使用SVM判別模型獲得的平衡精度。ST：莖上半部分；S：全莖；SB：莖下半部分；WP：整株植物；C：冠層。右圖：使用莖上半部分光譜數(shù)據(jù)的SVM分類模型的接收器操作特征(ROC)曲線與具有完美和不存在判別能力的模型進(jìn)行比較。
【小結(jié)】
作者通過(guò)研究發(fā)現(xiàn)，本文所提出的方法可有效檢測(cè)病害發(fā)病率。隨著進(jìn)一步研究圖像采集和處理方法，以及通過(guò)使用自動(dòng)化表型平臺(tái)，火炬松幼苗的高通量表型分析將成為目前在抗性篩選中心所使用方法的一個(gè)組成部分。